Desde 2009, o Enem passou a ser usado por instituições públicas de ensino superior como critério de seleção em substituição aos vestibulares tradicionais.

A prova também é pré-requisito para quem quer participar de programas de acesso ao ensino superior e de financiamento público, como o Fundo de Financiamento Estudantil (FIES), o Programa Universidade para Todos (PROUNI) e as bolsas de estudo no exterior do Ciência sem Fronteira.